Metal Gear Solid GBC è un'avventura che si espande ampiamente seguendo il percorso tortuoso di Solid Snake, un agente operativo super-addestrato che si è creato un'ottima reputazione come esperto in infiltrazioni nelle Forze Speciali FOXHOUND. Questo agente segretissimo si era ritirato, ma è stato richiamato in servizio per sottrarre l'arma nucleare Metal Gear dalle grinfie di un gruppo terroristico guidato dal carismatico ma squilibrato General Augustine Eguabon. Nel corso della sua missione, Solid Snake raccoglie due dozzine di diversi oggetti, fra cui mine, cercamine, il fucile automatico R-5, il lanciarazzi Nikita, esplosivi al plastico, documenti di identificazione, corazze, munizioni e razioni. Solid Snake è essenzialmente un solitario - fa parte del suo lavoro - ma può servirsi della sua radio Codec per chiamare cinque membri della squadra, per chiedere consigli e per salvare i suoi progressi. Molto tempo fa Solid Snake ha imparato a contare più sulla furtività che sulle armi, e Metal Gear Solid GBC metterà alla prova la tua abilità nell'aggirarti furtivamente negli splendidi ambienti e nell'evitare di attirare l'attenzione delle guardie dagli occhi di falco - e nel trovare rapidamente un nascondiglio se ti individuano. Metal Gear Solid's VR Missions ti permette di esercitarti nei movimenti furtivi con e senza le armi, e l'intelligenza dei tuoi nemici nella Advanced Mode è all'altezza dei livelli più difficili del gioco.