Non ti piacerebbe essere scortato, ovunque tu vada, dall'agente speciale Joanna Dark del Carrington Institute? Con Perfect Dark per Game Boy Color diventa possibile! La versione portatile di Perfect Dark si svolge in un periodo precedente all'avventura Joanna's N64, durante le fasi finali del suo addestramento all'Istituto. Joanna affronta per la prima volta il combattimento reale in sette missioni progettate in esclusiva per Game Boy Color. Dopo un volo fino alla giungla sud-americana per indagare su una fabbrica illegale di cyborg, l'Agent Dark scopre di essere diventata involontariamente un anello di una catena di eventi molto più ampia. I giocatori scopriranno a un certo punto che dataDyne è alla radice del problema, e che la portata dei suoi misfatti va molto più in là di quanto l'Institute osasse immaginare. Perfect Dark GBC offre un gioco estremamente variato, e mescola enigmi e minipartite con frenetiche sparatorie. La cartuccia di Perfect Dark utilizza la Rumble Feature, e il gioco è compatibile anche con la stampante Game Boy. Decisa a utilizzare fino all'ultimo grammo della tecnologia disponibile, la Rare si è anche servita dell'Infrared Port per consentire ai giocatori di trasferire i dati fra due unità Game Boy Color.