Iniziando con una passeggiatina notturna sui tetti di Gotham City, Batman Vengeance segue le ricerche fatte dal cavaliere nero per portare alla luce uno scellerato piano architettato da Joker ed Harley Quinn. Warner Bros. e DC Comics hanno fornito la loro assistenza nella stesura dello storyline originale basato sulle nuove avventure di Batman. Le armi a disposizione includono granate lampo, Bat-bombe e naturalmente Bat-rang. Altri noti arcinemici che creeranno qualche problema a Batman saranno Ivy e Mr. Freeze.