Quando le tenebre malvagie avvolgono la terra di Hyrule, un giovane ragazzo di nome Link deve risvegliare l'eroe - e l'animale - che c'è in lui!

In The Legend of Zelda: Twilight Princess la vita di Link si trasforma all'improvviso. Educato a diventare un allevatore e ad occuparsi degli animali della fattoria, l'avventura di Link inizia quando il sindaco gli ordina di assistere al summit di Hyrule. Mentre si appresta a farlo, non ha idea del destino malefico che incombe sl regno...

Quando entra nel regno Twilight che ha coperto Hyrule, si trasforma in un lupo e viene catturato. Una figura misteriosa di nome Midna lo aiuta a liberarsi e, con l'aiuto della sua magia, entrambi partono per liberare la terra dalle tenebre.

Link deve esplorare la vasta terra di Hyrule per scoprire il mistero per cui tutto è coperto dalle tenebre. Durante il suo cammino dovrà risolvere dei puzzle, chiedere aiuto ad amici e attraversare castelli pericolosi. Nel regno Twilight dovrà usare le sua abilità di lupo e la magia di Midna per riportare la luce sulla terra.

Durante la sua missione, Link può imbattersi in truppe di creature ripugnanti e ingaggiare combattimenti tramite uno sbalorditivo sistema di combattimento a cavallo, per poi affrontare boss così mastodontici da non poter essere descritti. Oltre ai suoi fidati spada e scudo, Link userà 'arco e frecce, combatterà a cavallo e userà tantissimi oggetti, sia vecchi che nuovi.

Durante il suo viaggio nella terra oscurata Link incontrerà anche Zelda e molti altri personaggi, tra i quali si notano alcuni volti familiari, ma anche fisionomie finora sconosciute.