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Brain Training presenta anche dei giochi di Sudoku, per quando vorrai distrarti dall'allenamento.
Solitamente giocato con carta e penna, il Sudoku su Nintendo DS implica l'uso dello stilo. I numeri possono essere scritti sul touch screen e potrai anche mettere delle note ai lati della griglia come nel gioco su carta.
Ci sono tre livelli di difficoltà disponibili e anche una modalità tutorial per i giocatori alle prime armi con il Sudoku.