Prendere il comando in mezzo al caos, via via che la battaglia si sviluppa in BWii è estremamente semplice e gratificante, grazie alle potenzialità uniche del Wii. Potendo gestire la maggior parte dell'azione con un semplice sistema "punta e premi", viene immediatamente spontaneo affrontare con padronanza e determinazione i frenetici combattimenti del gioco.
Grazie alla combinazione del telecomando Wii e del Nunchuk, avrai il controllo totale delle tue unità, che potrai guidare con il Control Stick, mentre usi il telecomando Wii per mirare ai nemici, determinare l'inquadratura della telecamera e selezionare quale veicolo o soldato controllare. Basta premere il pulsante A per far fermare il resto del tuo battaglione ad aspettare a distanza di sicurezza, mentre tu ti spingi avanti con l'unità prescelta, oppure per ordinare un attacco in piena regola su un bersaglio nemico di tua scelta. Muovendo adeguatamente con il telecomando Wii e il Nunchuk potrai ottimizzare ancora di più l'azione, mentre induci i soldati a schivare i proiettili o impartisci ordini ai tuoi sommergibili sott'acqua, semplicemente grazie a movimenti sensibili al contesto.
Secondo Tanc Dyke-Wells, direttore creativo di Kuju, la miscela narrativa di azione e strategia, che caratterizza il gioco in BWii, calza a pennello sul Wii, quindi ha optato per un sistema di comando quanto più semplice ed immediato possibile.
“Abbiamo cercato in tutti i modi di sfruttare con intelligenza le proprietà del sistema a beneficio della struttura del gioco. Lavorando per Wii, ci siamo visti costretti, in senso buono, ad essere più precisi e più disciplinati nella concezione del nostro sistema di comando. Pertanto, mentre nel primo Battalion Wars per GameCube, si usavano diversi pulsanti per dare i comandi, qui è tutto concentrato nel pulsante A. Può sembrare molto semplice ed immediato quando si gioca con BWii, ma al contrario, è piuttosto difficile giungere a questo risultato.”