Dopo i primi passi sul pianeta, Olimar trova uno strano baccello, simile alle cipolle che ci sono sul suo pianeta, Hocotate. Questa "cipolla" lancia un seme in aria, da cui nasce un germoglio rosso. Olimar lo raccoglie dal terreno e scopre una creatura, che chiama "Pikmin".
I Pikmin svolgono molte funzioni per Olimar: sono esperti di demolizioni, gran lavoratori, abili guerrieri. Fanno tutto quello che Olimar comanda e si lasciano persino lanciare in aria. Per creare più Pikmin basta alimentare la cipolla con bestie e gettoni. Sul pianeta ci sono tre tipi di Pikmin, ognuno è unico ma tutti sono fedeli a Olimar.
