Il capitano Olimar è appena tornato a casa ed è contento di esserci arrivato tutto intero! Schiantatosi con la sua navicella su un pianeta alieno, ha subito imparato che l'unico modo per sopravvivere era sfruttare le abilità dei Pikmin: creature piccole e graziose che, obbedendo ai suoi ordini, hanno cercato e trovato i componenti della sua amata navicella. Per completare la missione, Olimar aveva a disposizione scorte di ossigeno solo per 30 giorni, per questo non dimenticherà mai i Pikmin e il prezioso aiuto che gli hanno prestato.

Casa dolce casa... ma è davvero così? Tornato sul suo pianeta, Olimar scopre che in sua assenza l'azienda per cui lavora, la Hocotate Trasporti, si è drammaticamente indebitata. Mentre il presidente della società racconta tutta la triste storia a Olimar, dalle tasche del prode esploratore cade un oggetto raccolto durante il suo viaggio.

Questo semplice pezzo di metallo viene valutato ben 100 Piklari, ed ecco che magicamente si aprono molte speranze per la salvezza della Hocotate Trasporti.

Olimar dovrà tornare sul quel pericoloso pianeta e mettersi ancora una volta al comando dei Pikmin. Dopo tutto, se il pianeta è pieno di oggetti simili che valgono ben 100 Piklari, non dovrebbe essere difficile racimolare il denaro necessario per saldare il debito. In fondo, stavolta non ci sarebbe neppure il limite dei 30 giorni di tempo, giusto?

Un'impresa per due
Questa volta, Olimar sarà accompagnato nel viaggio dal suo collega Louie. Dopo i pericoli che ha dovuto affrontare nella sua precedente disavventura, Olimar è ben felice di avere accanto un aiuto in più per comandare i Pikmin e sgominare le creature ostili che popolano il pianeta.