Esistono tanti modi diversi per giocare con le console della famiglia Nintendo 3DS. Oltre ai pulsanti, è possibile controllare il gioco toccando e trascinando sul touch screen uno stilo simile a una penna o inclinando la console. Le fotocamere integrate permettono di portare nel gioco immagini provenienti dal mondo reale, ed è inoltre possibile influire sul gioco anche parlando o soffiando sul microfono.

Il New Nintendo 3DS e il New Nintendo 3DS XL dispongono di controlli migliorati e ampliati. Le console sono dotate dei nuovi pulsanti ZL e ZR Buttons, nonché del nuovo stick C, per darti ancora più opzioni di controllo. I controlli che prima erano disponibili solo collegando il pad scorrevole pro o il pad scorrevole pro XL ora sono integrati nelle console.